一、解放前南京醫科大研究生教育
        南京醫科大學研究生教育歷史可追溯到解放前。1929年，國民黨南京政府公布了《大學組織法》和《大學規程》，規定了高等教育機關分為大學、獨立學院、?？茖W校和研究院（所），并指出，大學研究院（所）的任務是招收大學畢業生研究高深學術，各研究生研究期限暫定為至少3年。1935年，國民黨政府公布了《學位授予法》、同年教育部頒布了《學位分級細則》、《碩士學位考試細則》，1940年教育部又頒發了《博士學位評定會組織法》和《博士學位考試細則》，這個時期研究生教育有了立法程序，有了一套比較完整的制度。我校于1942年7月奉令成立醫科研究所寄生蟲學部，由部聘教授洪式閭博士兼主任。至1947年5月奉指令，改組為國立江蘇醫學院寄生蟲學研究所。1942年12月本所招收第一屆研究生兼助教趙慰先一名，1943年8月招收第二屆研究生王培信、王毓楹二名。并于1945年8月及1946年1月由研究生王培信及趙慰先提出碩士論文各一篇，參與碩士考試及格，經部復核審查通過授予碩士學位。
        在解放前，由于舊中國的教育和科技落后，只有少數學校招收過為數不多的研究生。據統計從1935年至1949年全國授予碩士學位人數才200多人，沒有授予過博士學位。

二、新中國成立后南京醫科大研究生教育
        新中國成立以后，我國從1950年開始招收研究生。1953年11月27日，高等教育部發布了《高等學校培養研究生暫行辦法（草案）》，明確規定：“……師資條件較好的高等學校應擔負培養研究生的任務，其目的為培養高等學校師資和科學研究人才”。1961年9月，中共中央印發了《中華人民共和國教育部直屬高等學校暫行工作條例（草案）》，對我國研究生教育作了具體規定和要求。1963年，教育部在北京召開了研究生工作會議，會議通過了《高等學校培養研究生工作暫行條例（草案）》、《關于高等學校制定理工農醫各專業培養方案的幾項規定（草案）》、《關于高等學校培養研究生學籍處理的幾項規定》等文件，從此我國高等學校、科研機構研究生工作逐步走上軌道，到1965年，我國培養研究生的高等學校有134所，科研機構100個，在校研究生人數為4546人，畢業研究生15942人。在此期間，我校共培養研究生14人。1966年，由于發生了“文化大革命”，通過研究生入學考試的研究生沒能入學，我校共有4人。

三、恢復研究生招生后南京醫科大學研究生教育
        1977年10月12日，國務院轉發了教育部《關于做好1977年高等學校招生工作的意見》，該文件對全國研究生招生工作做了統一的部署，并對研究生的培養目標有了明確的要求：應具有系統而堅實的的基礎理論、專業知識和科學實驗的技能，能獨立進行科學研究工作。1978年1月教育部在《關于高等學校1978年研究生招生工作安排意見》中明確了1977年和1978年兩年的研究生招生工作合并于1978年進行統稱為1978年研究生。1980年2月12日，中華人民共和國第五屆全國人民代表大會常務委員會第十三次會議通過了《中華人民共和國學位條例》，并宣布自1981年1月1日起實行。隨后國家又制定了《中華人民共和國學位條例暫行實施細則》。從1978年恢復研究生招生到1981年的學位制度建立至今，我校的研究生教育和全國的研究生教育一樣經歷了四個階段：

(一)1978年～1981年為恢復時期
1. 在這一時期主要確定招生學科，擬定入學考試辦法，制定各學科專業研究生培養方案及有關規章制度；
2. 積極組織學位點申報，1981年我校被國務院學位委員會批準為首批博士學位授予單位，這為我校今后的研究生教育發展打下了堅實的基礎。
這一時期我校研究生招生規模較少，處于恢復階段：  

(二)1982年～1987年為發展和改革時期
1. 為適應這一時期我國經濟建設和社會發展需要，努力擴大研究生招生規模。抓住第二批和第三批學位點申報的機遇，使學位授權點有所擴大，研究生招生規模顯著增加： 

2. 大膽改革，拓寬培養途徑。改革招生辦法，擴大在職人員錄取比例，對本科畢業四年以上的在職人員實行“單獨考試”制度，優先錄取優秀的在職人員；開展臨床應用型人才培養的試點工作；嘗試與國內、外高校聯合培養研究生，拓寬研究生培養途徑。
3. 為適應研究生規模迅速發展的需要，我校先后成立了研究生科和研究生處，加強了管理隊伍的建設。

(三)1988年～1990年為治理整頓和調整時期
1. 隨著研究生規模的不斷擴大，改革進一步深入，為進一步提高研究生培養質量，接受了高校研究生教育的檢查評估，肯定了我校研究生教育的成績，提出了改進意見和要求。
2. 修訂研究生培養方案和有關規章制度、加強研究生的外語教學、改進研究生的思想政治教育。
3. 召開了首屆研究生教育工作大會。大會統一了認識，總結了經驗，提出了今后的發展方向。
在治理整頓階段，研究生招生規模處于穩定發展階段： 

(四)1991年～2006年為大發展時期
1. 通過治理整頓，研究生的教育質量有了較大的提高。為進一步適應我國經濟的迅速發展，加快高層次人才培養已成為這一階段的主要任務，研究生招生規模明顯擴大： 

2. 積極組織學位點申報，獲得了七個一級學科碩士學位授權點，三個一級學科博士學位授權點，使博士學位授權點復蓋了所有的醫學學科。為我?！笆晃濉卑l展奠定了很強的學科基礎。